Ich würde gleich Git statt SVN nutzen – ist meiner Meinung nach leichter zu handlen und mit github.com gibt’s einen guten SaaS-Service, falls du nicht deinen eigenen Git/SVN-Server betreiben möchtest.

Im Bezug auf TYPO3 würde ich für jede Extension ein Repository aufsetzen und grundsätzlich immer nut typo3cont/ext versionieren. Da in den Extension-Verzeichnissen sowieso keine Live-Daten liegen sollten, lässt sich das in der Praxis gut realisieren. Du kannst dann im deinem Testsystem an deinen Extensions entwickeln und Änderungen in das entsprechende Repository einchecken. Im Live-System kannst du die aktuellsten Versionen dann durch ein Checkout/Export des entsprechenden Extension-Repsitories live schalten.

Die Konfiguration deiner Extensions erfolgt dann in Typoscript (liegt in der DB) – optional kannst du die Typoscript-Configurationen auch noch ins Filesystem auslagern und auf Projektbasis in einzelne Repositories ein/auschecken (einfach mal nach INCLUDE_TYPOSCRIPT googlen), wenn dir auch die Versionierung deiner Projektkonfigurationen wichtig ist.

brgmn geht ja hauptsächlich auf die Extensions ein.

Generell würde ich aber auch die templates (TS, HTML, CSS, JS, Bilder) mit einchecken.
Jenachdem kann es auch sinnvoll sein, den Core in ein Extra-Repository zu packen.

Das VCS spielt ja erstmal keine Rolle beim Finden einer Struktur.
Wir haben alle Custom Extensions im Repository und eine Extension, die für sämtliche Konfigurationen und Ressourcen zuständig ist.
In der Extension sind alle TypoScripts, Javascripts, HTML Templates, CSS Stylesheets, Grafiken usw abgelegt. Somit muss man sich nicht mit einer partitionierten Versionierung von z.B. fileadmin auseinandersetzen.
Die Auslagerung der spezifischen Ressourcen ist imho sehr empfehlenswert. Man kann sich einmal einen Dummy aufbauen und den dann für jede Seite benutzen.
Der Inhalt unseres Repositorys wird dann einfach aus dem SVN auf den Server in typo3conf/ exportiert.
Die localconf.php zu Versionieren ist meiner Meinung nach eher nicht so optimal, da hier immer auf Anpassungen von Devserver auf Liveserver geachtet werden muss. Konsequenterweise sollte diese aber auch im Repository liegen, damit man seine Konfigurationen schnell wiederherstellen kann.
Inhalte und Inhaltsgrafiken, PDFs, und was sonst noch so von Redakteuren eingepflegt wird ist bei uns nicht versioniert.