Momentan wird dir wohl noch nicht viel anderes übrig bleiben als Flash zu nutzen.
Dieses Plugin ist wohl, auch gerade durch YouTube, mit am verbreitetsten. QuickTime usw würde ich nicht benutzen, einfach weil wohl die wenigsten User Lust haben werden ihren Browser mit noch einem Plugin zuzumüllen :).
Die HTML5 Problematik wird sich wohl auch so schnell nicht lösen lassen, da sich ja bis jetzt nicht auf einen Video-Standard geeinigt wurde. Ich würde aber jetzt auch nicht mit HTML5 anfangen, es unterstützen zu wenig Browser und eigentlich gibt es es ja noch gar nicht.
In diesem Sinne -> Flash hat die Nase vorn. Noch.

Auf der verlinkten Seite wird ein Weg gezeigt, wie man ein Video html5-konform und mit diversen fallbacks einbindet.
Das ist allerdings ein riesiger Brocken javascript/html-code und man benötigt das Video in 3 verschidenen Versionen.
Solange es keine Browserübergreifende unterstützung für html5-videos gibt halte ich Flash only für die sinnvollste Lösung.

Momentan kommt man um Flash nicht herum. Ich würde aber alternativ auch Ogg-Theora in HTML5-Code anbieten, auch wenn das bisher nur ein Teil der Browser versteht. Nachteil dabei ist allerdings, dass man die Videos mehrfach kodieren muss, was wiederum größere Server erfordert.

Zur Zeit sage ich auch: Flash

Wobei ich persönlich das F4V dem FLV-Format vorziehe (bessere Qualität bei geringerer Dateigröße). Leider gibt es noch wenige Player, die dieses Format unterstützen (Der FlowPlayer macht das, soweit ich weiss).

Grüße
Wolfgang

Nur der Vollständigkeit halber: Wie es aussieht, hat der neue WebM/Vp8-Codec, den Google weiterentwickelt, gute Chancen, neuer Standard für HTML-5-Video zu werden. Es wäre zu hoffen, ist doch H.264 nach wie ein geschlossener Standard, dessen Verwendung u.U. auch kostenpflichtig ist.