Ich habe hier bereits eine ähnliche Frage gestellt. Konsens war, das es eigentlich nur die Lösung gibt, die Du selbst etablierst.

Die Extension Caretaker kann einem viel Arbeit abnehmen, ebenso freewvs

Zusätzlich möchte ich sagen, das Du dir vllt mit Nagios und/oder einer eigenen Extension einen eigenen Überblick per API über die installierten Extensions verschaffen kannst.

Was Projektmanagement betrifft machen wir inzwischen viel mit Todoyu, aber die T3 Versionen betrifft, dafür haben wir ganz klassich ein Excel Sheet wo alles drin steht. Das klingt langweilig, funktioniert aber.

Der Vollständigkeit wegen soll hier auch noch der Watchdog erwähnt sein. :-)

Ich bin mit dem Agenturpaket bei Mittwald hochzufrieden.
Dort kann man auch Fremdkundenummern bequem in seinem eigenen Kundencenter verwalten, sofern dieser verifiziert wurde, und kann dann im Versionsmanager bequem updates machen.
TYPO3 Wachtdog ist übrigens prima für die extension überwachung

Ich habe dafür eigens eine Extension geschrieben, die die zentrale TYPO3-Installation, die globalen sowie lokalen Extensions überwacht. Auf einer Übersicht werden alle Extensions mit Installationsstatus, -häufigkeit, -version und (wenn möglich) -Frontend-Link gelistet.
Die Informationen werden per Cronjob gesammelt und in dioe DB gespeichert.

Mit etwas Aufwand könnte man die Arbeit wohl auch serverunabhängig machen können und bspw. die aktuellsten Versionen aus dem TER auslesen und dazu einen E-Mail-Alert bauen.