TYPO3 4.0 verhält sich an einigen Stellen deutlich anders als die Vorgänger, daher wird bei einem Update zunächst der Kompatibilitätsmodus aktiviert. Dieser kann abgestellt werden, indem im Installtool der Punkt „Update Wizard“ ausgewählt wird. Im folgenden Dialog werden die Unterschiede erläutert. Um kompromisslos alle neuen Konventionen zu übernehmen, einfach ein Häkchen bei „ignore selection above“ machen und den Button „3-Perform Updates“ drücken. In einigen Fällen ist es ratsam, den Kompatibilitätsmodus aktiviert zu lassen.

Dies betrifft zum Beispiel die Generierung von RealURL-URLs. Im 3.8-Kompatibilitätsmodus werden Unterstriche als Trennzeichen verwendet, im nativen 4.0-Modus Bindestriche. Gerade bei diesem Unterschied sollte gründlich überlegt werden. Durch die Änderung könnte das Google-Ranking beeinflusst werden, weil alte URLs zu den Webseiten nicht mehr gültig sind.

Auch das „Content-Rendering“ mit „css_styled_content“ ist von Umstrukturierungen betroffen. So werden das Mailformular und das Inhaltselement „Text mit Bild“ anders als bei den pre-4.0- Versionen formatiert.

Die Meldung „The Reference Index table is empty[...]“ bezieht sich auf die neue Tabelle für Referenzen innerhalb von TYPO3. Um die Tabelle mit Daten zu füllen, wird im Backend der Punkt „Tools->DB-Check (DB Überprüfung)“ aufgerufen. In der folgenden Auswahlbox kann unter „Manage Reference Index“ mit dem Button „Update now!“ die Tabelle aktualisiert werden.