Statt eines Dumps können auch die MySQL-Datenbankdateien direkt gesichert werden. Auch hier muss sichergestellt werden, dass kein schreibender Zugriff erfolgt und alle Datenbankenindizes auf die Festplatte geschrieben wurden. Für MyISAM-Tabellen automatisiert das Perlskript „mysqlhotcopy“ alle notwendigen Schritte [3].

Das Backup der Dateien kann dann entweder mit klassischer Backup-Software (im Open-Source-Bereich z. B. „amanda“ oder „bacula“) oder aber als einfaches disk-to-disk-Backup mit „rsync“ auf eine zweite Platte oder einen Backupserver erfolgen. Ein sehr hilfreiches und einfach zu konfigurierendes Tool für rsync-basierte Backups inklusive Versionierung ist „dirvish“ [4]. Dieses Tool nutzt für seine Versionierung Hardlinks, sodass unveränderte Dateien nicht mehrfach gespeichert werden, obwohl für jeden Backupzeitpunkt ein vollständiges Abbild des Dateibaums vorhanden ist. Der Restore erfolgt einfach per „rsync“ oder „cp“.

Ist im Hostingpaket ein externer FTP-Backupbereich vorgesehen, können mit dem c't-Tool „ftplicity“ [5] komfortabel Backups ermöglicht werden, die in handliche Dateien aufgeteilt und verschlüsselt auf dem FTP-Server abgelegt werden.

Alle Schritte des Backups werden automatisiert über Cron-Jobs ausgeführt und sollten regelmäßig auf ihre Vollständigkeit und Funktionsfähigkeit überprüft werden (z. B. durch ein Restore auf einem Testsystem). Datenbank-Dumps können auch mit phpMyAdmin (z. B. in TYPO3 integriert) durchgeführt werden, hier sind jedoch die oben erwähnten PHP-Einschränkungen zu berücksichtigen.