Die Funktionen von WaterRoof beinhalten das Setzen von dynamischen Regeln, Bandbreiten-Management, NAT-Konfiguration und Port-Weiterleitung. Außerdem gibt es vordefinierte Regeln und einen Wizard zur einfachen Konfiguration. Log-Dateien und grafische Statistiken gehören ebenfalls zum Funktionsumfang.

Die WaterRoof Firewall ist eine Alternative zur integrierten Firewall in Mac OS X Leopard, die nach Angaben vieler Benutzer nicht mit allen Applikationen kompatibel ist. So berichteten beispielsweise SPIEGEL ONLINE und heise online über Sicherheitslücken und die Inkompatibilität der Leopard-Firewall mit dem VoIP-Programm Skype.